Wenn eine Verletzung des Gehirns im Erwachsenenalter auftritt, fällt eine anschließende Prosopagnosie im Alltag auf, da sich die betroffene Person daran erinnern kann, wie gut sie Gesichter vor dem Unfall erkennen konnte. Der direkte Unterschied kann bemerkt, einem Arzt oder Neuropsychologen mitgeteilt, und besprochen werden. Allerdings gibt es kaum Fälle, in denen ausschließlich das Fusiforme Gesichtsareal verletzt wird. Aufgrund dessen tritt eine Prosopagnosie selten als alleinstehende Folge nach einer Hirnschädigung auf.
Bei Kindern verhält es sich jedoch anders, vor allem, wenn es sich um die angeborene Form der Prosopagnosie handelt. Prosopagnosie bei Kindern ist möglicherweise nicht direkt offensichtlich da, gerade bei Kleinkindern, das Wiedererkennen von Personen ausschließlich anhand des Gesichts, nicht festzustellen ist bzw. erwartet wird. Es kann auch vorkommen, dass Kinder mit Prosopagnosie als „schüchtern“ oder „introvertiert“ eingestuft werden.
Kinder mit einer angeborenen Form von Prosopagnosie lernen gar nicht erst Familienmitglieder oder später auch Mitschüler anhand des Gesichts zu erkennen. Stimme, Gangart oder andere Eigenheiten werden als Erkennungsmerkmal genutzt.
Wenn bei Kindern eine Auffälligkeit festgestellt wird, gibt es Krankheitsbilder die im Kindesalter leicht mit einer Prosopagnosie verwechselt werden könnten. Vor allem Diagnosen aus dem Autistischen Spektrum kommen hier in Frage. Autismus und Prosopagnosie haben gemeinsam, dass die Betroffenen Schwierigkeiten damit haben, den Blickkontakt zu halten. Der Unterschied ist jedoch, dass Kinder mit Prosopagnosie nicht aktiv den Blickkontakt vermeiden, diesen aber auch nicht suchen, während Kinder mit Autismus den Blickkontakt aktiv vermeiden. Außerdem zeigen Kinder mit Prosopagnosie eine normale Sprachentwicklung und Empathie. Prosopagnosie wird auf Grund der geringen Häufigkeit und sicher auch geringen Bekanntheit, häufig nicht als Alternativdiagnose zu Autismus in Betracht gezogen, sondern kann fälschlicherweise als eines der Merkmale für eine Autismus-Diagnose gewertet werden.